วันที่ 2 ก.พ.2565 หลังจากที่ประชุมคณะรัฐมนตรี (ครม.) เมื่อวันที่ 1 ก.พ.ที่ผ่านมา เห็นชอบให้การรถไฟแห่งประเทศไทย (รฟท.) ปรับกรอบวงเงินโครงการระบบรถไฟชานเมือง(สายสีแดง) ช่วงบางซื่อ-รังสิต และช่วงบางซื่อ-ตลิ่งชัน เพิ่มขึ้นจำนวน 2,917 ล้านบาท จากตามมติครม.เดิมที่อนุมัติไว้จำนวน 93,950 ล้านบาท เป็น 96,868 ล้านบาท
สำหรับกรอบวงเงินใหม่นี้ รฟท.แจ้งว่า เกิดจากภาระภาษีต่างๆ เช่น ค่าภาษีมูลค่าเพิ่มจากการเปลี่ยนแปลงแหล่งเงินกู้จากองค์การความร่วมมือระหว่างประเทศของญี่ปุ่น (JICA) เป็นแหล่งเงินกู้ภายในประเทศ
รวมทั้งค่าภาษีมูลค่าเพิ่มและอากรจากการนำเข้าของโครงการฯและค่าใช้จ่ายที่เพิ่มขึ้นที่ต้องชำระให้ผู้รับจ้างในส่วนที่เป็นเงินเยนจากความผันผวนของอัตราแลกเปลี่ยน ทั้งช่วงบางซื่อ-รังสิต จำนวน 2,011 ล้านบาท และช่วงบางซื่อ-ตลิ่งชัน จำนวน 906 ล้านบาท
ทั้งนี้กระทรวงคมนาคม ได้แจ้งเหตุผลว่า ที่ผ่านมาคณะกรรมการ รฟท. เมื่อวันที่ 22 เม.ย.2564 ได้พิจารณาให้ความเห็นชอบการปรับกรอบวงเงินลงทุนและการจัดหาแหล่งเงินเพิ่มเติม และจัดหาแหล่งเงินรองรับโครงการรถไฟสายสีแดงช่วงบางซื่อ - รังสิต และช่วงบางซื่อ - ตลิ่งชัน โดยมีกรณีต่าง ๆ ดังนี้
1.กรณีความผันผวนของอัตราแลกเปลี่ยนสกุลเงิน ซึ่งทำให้เงินกู้ไม่เพียงพอสำหรับค่าใช้จ่ายโครงการฯ ประกอบด้วย สัญญาที่ 1-3 และสัญญาจ้างที่ปรึกษา ช่วงบางซื่อ - รังสิต เป็นกลุ่มสัญญาที่ต้องเปลี่ยนแปลงแหล่งเงินกู้จากเงินกู้ JICA เป็นเงินกู้ภายในประเทศ มีสาเหตุจากความผันผวนของอัตราแลกเปลี่ยนทำให้กรอบวงเงิน ของแหล่งเงินกู้ JICA ที่คณะรัฐมนตรีอนุมัติไว้เดิม ไม่เพียงพอต่อการเบิกจ่ายวงเงินคงเหลือ ของสัญญาต่าง ๆ ทำให้กระทรวงการคลัง ต้องจัดหาแหล่งเงินภายในประเทศทดแทนในส่วนที่ไม่เพียงพอ
ส่วนสัญญาที่ 3B ช่วงบางซื่อ - ตลิ่งชัน เป็นสัญญาที่มีค่าใช้จ่ายเพิ่มขึ้นจากความผันผวนของอัตราแลกเปลี่ยนทั้งในส่วนของวงเงินคงเหลือ ตามสัญญาและกรอบวงเงินสำหรับค่าภาษีมูลค่าเพิ่มจากการนำเข้า (Import VAT) ทำให้มีความจำเป็นปรับกรอบวงเงินของโครงการฯ ควบคู่กับการจัดหาแหล่งเงินภายในประเทศเพิ่มเติม
2.กรณีค่าภาษีมูลค่าเพิ่มต่าง ๆ โดยสัญญาที่ 3A ช่วงบางซื่อ-รังสิต มีค่าใช้จ่ายเพิ่มขึ้น จากภาษีมูลค่าเพิ่มต่าง ๆ ทำให้มีความจำเป็นปรับกรอบวงเงินของโครงการฯ ควบคู่กับการจัดหาแหล่งเงินกู้ภายในประเทศเพิ่มเติม ประกอบด้วย ค่าภาษีมูลค่าเพิ่มจากการนำเข้า ของอุปกรณ์ต่าง ๆ จำนวน 1,265 ล้านบาท, ค่าอากรจากการนําเข้า ที่เกิดจากการแก้ไขแบบรายละเอียดของโครงการฯ ช่วงบางซื่อ - รังสิต เพื่อรองรับการเดินรถไฟประเภทต่าง ๆ ตามมติคณะรัฐมนตรี จำนวน 36 ล้านบาท
รวมทั้งค่าภาษีมูลค่าเพิ่มจากการใช้แหล่งเงินกู้ รูปแบบ Euro Commercial Paper (ECP) จำนวน 288 ล้านบาท ทั้งนี้จึงขอให้ รฟท. กู้เงินภายในประเทศมาใช้จ่ายค่าอากรนำเข้า (Import Duty) ที่ได้รับการอนุมัติงบประมาณจากคณะรัฐมนตรี และมีมูลค่างานระบุไว้ในสัญญาแล้ว จำนวน 660 ล้านบาท
3. กรณีค่าภาษีมูลค่าเพิ่มที่เกิดจากการสำรองจ่าย งวดที่ 27 - 29 ของสัญญาที่ 1 และ 2 ช่วงบางซื่อ - รังสิต เนื่องจากครม.เดิมมีมติอนุมัติการแก้ไขแบบรายละเอียดและปรับกรอบวงเงินค่าจ้างของโครงการฯ สายสีแดง โดยที่การปรับแบบดังกล่าวยังมิได้ผ่านการพิจารณาให้ความเห็นชอบจากคณะกรรมการสิ่งแวดล้อมแห่งชาติ รฟท. จึงไม่สามารถเบิกจ่ายเงินกู้จาก JICA ได้ตั้งแต่งวดที่ 27
อย่างไรก็ดี รฟท. ในฐานะผู้ว่าจ้างมีพันธะที่ต้องจ่ายเงินค่าจ้างตามความสำเร็จของงาน จึงได้สำรองจ่ายค่างวดงาน งวดที่ 27 - 29 ให้แก่ผู้รับจ้างไปก่อน และ JICA ได้จ่ายคืนเงิน ให้แก่ รฟท. ในภายหลัง ทั้งนี้ การดำเนินการดังกล่าวทำให้คู่สัญญาไม่ได้รับสิทธิเสีย ภาษีมูลค่าเพิ่มจากการขายสินค้าหรือให้บริการนั้นในอัตรา 9% และ รฟท. ต้องชำระภาษีมูลค่าเพิ่ม เบี้ยปรับ และเงินเพิ่ม ทำให้มีความจำเป็นปรับกรอบวงเงินของโครงการฯ สายสีแดงควบคู่กับการจัดหาแหล่งเงินภายในประเทศเพิ่มเติม
จากเหตุผลดังกล่าว คณะทำงานด้านการพิจารณาแหล่งเงินพิจารณาการปรับกรอบวงเงินลงทุนและจัดหาแหล่งเงินเพิ่มเติมสำหรับโครงการฯ สายสีแดง ซึ่งมีอธิบดีกรมการขนส่งทางรางเป็นประธาน ได้พิจารณาข้อเสนอ ของ รฟท. แล้ว เห็นควรปรับลดกรอบวงเงินลงทุนและแหล่งเงินเพิ่มเติม ของ รฟท.
โดยให้ รฟท. ปรับข้อมูลที่ค้างจ่ายงานสัญญาที่ 1 และสัญญาที่ 2 ให้เป็นปัจจุบัน และปรับลดค่าเบี้ยปรับและเงินเพิ่มจากการสํารองจ่ายงวดที่ 27 - 29 ของสัญญาที่ 1 และสัญญาที่ 2 ออกจากข้อเสนอจำนวน 203 ล้านบาท ส่งผลให้กรอบวงเงินลงทุนโครงการเพิ่มขึ้น 2,917 ล้านบาท