ทั้งนี้ ให้จัดตั้งศูนย์อำนวยการรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเล เรียกโดยย่อว่า "ศรชล." ขึ้นในสำนักนายกรัฐมนตรี มีฐานะเป็นส่วนราชการรูปแบบเฉพาะ มีหน้าที่และอำนาจและรับผิดชอบเกี่ยวกับการรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเล
ศรชล. อยู่ภายใต้การบังคับบัญชาขึ้นตรงต่อนายกรัฐมนตรี โดยวิธีการปฏิบัติราชการและการบริหารงาน การจัดโครงสร้าง การแบ่งส่วนงาน และหน้าที่และอำนาจของส่วนงานและอัตรากำลัง ให้เป็นไปตามที่คณะรัฐมนตรีกำหนด โดยให้นายกรัฐมนตรีเป็นผู้อำนวยการ ศรชล. มีผู้บัญชาการทหารเรือเป็น รอง ผอ. และให้เสนาธิการทหารเรือเป็นเลขาธิการ ศรชล.
ศรชล. มีหน้าที่และอำนาจในการวางแผน อำนวยการ ประสานงาน สั่งการ และสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานของรัฐที่เกี่ยวข้องในการรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเล ติดตามตรวจสอบและประเมินแนวโน้มของสถานการณ์ที่อาจก่อให้เกิดภัยคุกคามต่อผลประโยชน์ของชาติทางทะเล เสนอแผนและแนวทางในการปฏิบัติงานและดำเนินการตามนโยบายให้ ครม. เห็นชอบ รวมถึงวางแผน พัฒนา และดำเนินการเกี่ยวกับระบบควบคุมบังคับบัญชาและเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร เพื่อการปฏิบัติงานของ ศรชล. ให้สามารถติดต่อ เชื่อมโยง หรือ แลกเปลี่ยนข้อมูลระหว่างหน่วยงานของรัฐ หรือ หน่วยงานอื่น ทั้งในประเทศและระหว่างประเทศ
นอกจากนี้ ยังให้มีคณะกรรมการบริหารศูนย์อำนวยการรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเล เรียกโดยย่อว่า "คณะกรรมการบริหาร ศรชล." ประกอบด้วย ผบ.ทร. เป็นประธานกรรมการ รองผบ.ทร. หรือ ผู้ที่ ผบ.ทร. มอบหมาย เป็นรองประธานกรรมการ อธิบดีกรมการจัดหางาน อธิบดีกรมควบคุมมลพิษ อธิบดีกรมเจ้าท่า อธิบดีกรมเชื้อเพลิงธรรมชาติ อธิบดีกรมทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง อธิบดีกรมประชาสัมพันธ์ อธิบดีกรมประมง อธิบดีกรมป้องกัน และบรรเทาสาธารณภัย อธิบดีกรมศุลกากร อธิบดีกรมสนธิสัญญาและกฎหมาย อธิบดีกรมสรรพสามิต
อธิบดีกรมสวัสดิการและคุ้มครองแรงงาน อธิบดีกรมสอบสวนคดีพิเศษ ผู้แทนกระทรวงการพัฒนาสังคมและความมั่นคงของมนุษย์ ผู้แทนกระทรวงมหาดไทย ผู้แทนสำนักงานสภาความมั่นคงแห่งชาติ ผู้แทนสำนักงานอัยการสูงสุด ผู้แทนสำนักงานตำรวจแห่งชาติ ผู้แทนสำนักงานคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามยาเสพติด ผู้แทนกองอำนวยการรักษาความมั่นคงภายในราชอาณาจักร และ ผอ.ศรชล.ภาค เป็นกรรมการ ให้เสนาธิการทหารเรือเป็นกรรมการและเลขานุการ
มีอำนาจหน้าที่พิจารณาให้ความเห็นและข้อเสนอแนะในการทำแผนงาน งบประมาณ วางระเบียบการอำนวยการ การดำเนินการเพื่อบูรณาการการปฎิบัติงานร่วมของหน่วยงานรัฐที่เกี่ยวข้อง รวมถึงตั้งอนุกรรมการเพื่อการปฎิบัติหน้าที่ที่ได้รับมอบหมาย
ก่อนหน้านี้ รัฐบาลตั้ง ศรชล. ให้กองทัพเรือเป็นแกนนำตรวจสอบการทำประมงผิดกฎหมายไร้การรายงาน (ไอยูยู) ก่อนจะตั้งเป็นหน่วยงานถาวรขึ้นตรงนายกรัฐมนตรีตามกฎหมายนี้