ทั้งนี้ กรมเจรจาการค้าระหว่างประเทศอยู่ระหว่างการศึกษาผลได้-เสียจากการเข้าร่วม และพบว่ายังมีความกังวลต่อประเด็นสำคัญ อาทิ การมีผลบังคับใช้ในบางประเด็นข้อบทที่มีความอ่อนไหว ความน่าเชื่อถือของผลการศึกษาที่ใช้ในการอ้างอิงการตัดสินใจเข้าร่วมเป็นสมาชิก CPTPP การเปิดตลาดสินค้าประเภท Modern Biotechnology การนำเข้าขยะอิเล็กทรอนิกส์และเครื่องมือแพทย์มือสอง การห้ามเจรจาต่อรองราคายา การคุ้มครองสิทธิบัตรซึ่งมีเงื่อนไขที่เกินกว่าความตกลง Trade-Related Aspects of Intellectual Property Rights (TRIPS) ภายใต้องค์กรการค้าโลก การเข้าเป็นภาคีของอนุสัญญา International Convention for the Protection of New Varieties of Plants (UPOV) 1991 และ Budapest Treaty on the International Recognition of the Deposit of Microorganisms for the Purpose of Patent Procedure ซึ่งส่งผลกระทบทางลบต่อเกษตรกรไทยโดยเฉพาะที่อยู่ภายใต้อำนาจผูกขาดของบริษัทผู้ปรับปรุงพันธุ์พืช ในประเด็นของสิทธิในการเก็บเมล็ดพันธุ์ และสิทธิในพันธุ์พืชที่เป็นภูมิปัญญาท้องถิ่นของไทย การเปิดตลาดสินค้าเกษตรและผลกระทบต่อเกษตรกร การเปิดตลาดสินค้าที่มีผลกระทบต่อสุขภาพ การเข้าร่วม CPTPP กับความสำคัญของการสะสมถิ่นกำเนิดสินค้า เป็นต้น ซึ่งจะเกิดผลกระทบในเชิงลบต่อผู้ผลิตสินค้าที่มีคุณภาพตํ่าหรือไม่ได้มาตรฐาน