ความเสียหายจากการดำเนินโครงการรับจำนำข้าวทุกเมล็ด ในสมัยรัฐบาล น.ส.ยิ่งลักษณ์ ชินวัตร อดีตนายกรัฐมนตรี เป็นประเด็นหลัก ที่อัยการสูงสุดนำมาเป็น หลักฐาน ฟ้องยิ่งลักษณ์ ต่อศาลฎีกาแผนกคดีอาญาของผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมือง ในความผิดฐานละเว้นการปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบ และเป็นเจ้าหน้าที่ของรัฐ ปฏิบัติหรือละเว้นการปฏิบัติหน้าที่ ตามประมวลกฎหมายอาญา มาตรา 157 กรณีละเลยไม่ดำเนินการระงับยับยั้งโครงการรับจำนำข้าว ทำให้รัฐเสียหายนับแสนล้านบาท
ในคำแถลงปิดคดีเป็นลายลักษณ์อักษรของอัยการสูงสุด ระบุถึงประเด็นนี้ว่า สำนักงานคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ หรือ ป.ป.ช. มีหนังสือ เรื่องข้อเสนอแนะเพื่อป้องกันการทุจริต กรณีการดำเนินการตามนโยบายของรัฐบาล ในการรับจำนำข้าวเปลือก ถึงนางสาวยิ่งลักษณ์โดยตรง พร้อมเสนอให้ทบทวนการดำเนินโครงการ โดยป.ป.ช.ได้คำนวณต้นทุนการับจำนำข้าวเปลือกเจ้าตันละ 15,000 บาท ให้เห็นว่าการดำเนินนโยบายนี้จะทำให้รัฐมีภาระขาดทุนจำนวนมาก และจะเป็นภาระต่องบประมาณแผ่นดิน
โดยในรานงานป.ป.ช.ระบุว่า ข้าวเปลือกเจ้า 1 ตัน เมื่อนำมาสี แล้วจะได้ข้าวสาร 650 กิโลกรัม ดังนั้นการรับจำนำข้าวเปลือกเจ้าที่ตันละ 15,000 บาท เมื่อคิดเป็นข้าวสาร 1 ตัน จะมีต้นทุนข้าวเปลือกอยู่ที่ 23,077 บาท เมื่อรวมกับค่าสีแปรสภาพ ค่าขนส่งอีกตันละ 1,500 บาท ข้าวสาร 1 ตันจะมีต้นทุนรวมทั้งสิ้น 24,577 บาท
ส่วนข้าวหอมมะลิ 1 ตัน เมื่อนำสีแล้วจะได้ข้าวสาร 450 กิโลกรัม ข้าวสารหอมมะลิ 1 ตันจะมีต้นทุนวัตถุดิบที่เป็นข้าวเปลือกอยู่ที่ 44,444 บาท เมื่อรวมกับค่าสีแปรสภาพ ค่าขนส่งอีกตันละ 1,500 บาท แล้วข้าวสารหอมมะลิ 1 ตันจะมีต้นทุนรวมเท่ากับ 45,944 บาทต่อตัน
ช่วงระยะเวลา 2 ปีกว่า ในการดำเนินโครงการรับจำนำข้าว รัฐบาลนางสาวยิ่งลักษณ์ใช้เงินไปทั้งสิ้น 878,389 ล้านบาท ซึ่งธนาคารเพื่อการเกษตรและสหกรณ์ หรือ ธ.ก.ส.รายงานผลการปิดบัญชีโครงการรับจำนำข้าวในช่วงรัฐบาลนางสาวยิ่งลักษณ์ ณ 30 กันยายน 2559 มีผลขาดทุนจำนวน 607,234.19 ล้านบาท
ขณะที่นางสาวยิ่งลักษณ์ แย้งว่า ผลการวิจัยของคณะวิจัยสถาบันเทคโนโลยีพระจอมเกล้า เจ้าคุณทหารลาดกระบัง พบว่าโครงการรับจำนำข้าว ทำให้เศรษฐกิจในภาพรวม ขยายตัว 3.7 รอบ หรือมีมูลค่าผลรวมทางเศรษฐกิจเพิ่มขึ้นกว่า 1ล้านล้านบาท หรือมากกว่าค่าใช้จ่ายที่ใช้ไปและงบประมาณที่ต้องชดเชยในโครงการ
นอกจากนี้ในระหว่างการดำเนินโครงการรับจำนำข้าวทำให้เกิดกำลังซื้อในภาคครัวเรือนมากขึ้นส่งผลให้รัฐสามารถจัดเก็บภาษีต่างๆ ได้มากขึ้น โดยเฉพาะภาษีมูลค่าเพิ่ม